Le 1er janvier 2000, Belnet a acquis le statut de service d'Etat à gestion séparée au sein du Service public fédéral de programmation de la Politique scientifique. Cette structure spécifique confère à Belnet une autonomie et une flexibilité accrues pour faire face à l'évolution incessante dans le domaine des télécommunications et de l'internet.

Le statut de Belnet a été fixé par la loi du 7 mai 1999.