Pourquoi FileSender est-il un service essentiel pour les chercheurs en sciences de la vie et en biotechnologie du VIB ?

Publié le ven 26/05/2023 - 11:44

L'Institut flamand de biotechnologie (VIB) est un institut de recherche sans but lucratif qui se concentre sur la recherche fondamentale stratégique et innovante dans le domaine des sciences de la vie. Il travaille en étroite collaboration avec les cinq universités de Flandre. Les scientifiques du VIB mènent des recherches pionnières dans un large éventail de disciplines allant du cancer, l'inflammation et les neurosciences, à la biologie végétale. Pour échanger d'énormes quantités de données avec les scientifiques des différents laboratoires du VIB et d'autres chercheurs académiques, l'organisation fait un usage intensif de Belnet FileSender. Nous nous sommes entretenus avec Marcus Fislage, responsable Cryo EM au VIB/VUB.

Marcus, vous êtes le coordinateur du cryomicroscope électronique. Pouvez-vous expliquer à quoi sert ce microscope ?

« L'objectif principal de cet appareil est de visualiser les protéines avec une précision atomique. Les protéines forment les éléments constitutifs des organismes vivants. Nos cellules sont constituées de milliers de protéines différentes possédant chacune une structure et un fonctionnement uniques. Comme la forme 3D des protéines garantit leur bon fonctionnement, l'étude de leur structure est essentielle pour comprendre les processus biologiques et pour développer des médicaments afin de lutter contre les maladies.

"Cryo" signifie que nous examinons ces protéines à des températures très froides. Nous visualisons l'échantillon à l'aide d'électrons, mais ceux-ci sont assez nuisibles. S'il n'était pas refroidi à moins 196 degrés Celsius, l'échantillon serait détruit avant même que nous ayons eu la possibilité de prendre une bonne image.

Nos recherches menées avec le cryomicroscope électronique contribuent à une compréhension fondamentale des processus moléculaires dans les cellules saines ou malades. Par exemple, il a joué un rôle essentiel dans la recherche sur le COVID-19. Pendant la pandémie, nous avons examiné des protéines du virus du Covid au microscope pour voir comment elles interagissent avec diverses molécules cibles sur des cellules humaines. Nos recherches ont ainsi pu contribuer au développement des vaccins et des traitements ». 

Quel volume de données le microscope génère-t-il approximativement ?

« Notre microscope fonctionne 24 heures sur 24 et 7 jours sur 7 et génère une énorme masse d'images d'environ 2 TB par jour. Les images sont prises si rapidement qu'il est possible de faire le film de la particule. Nous utilisons de puissants serveurs GPU pour déflouter les images. Ce prétraitement génère 0,7 TB supplémentaire, ce qui signifie que nous nous retrouvons avec un ensemble de données d'environ 3 TB ».

Les scientifiques qui ont besoin de ces données travaillent dans d'autres laboratoires. Comment ces données leur sont-elles envoyées ?

« Les données brutes du microscope sont stockées sur un serveur de données local, où un premier traitement est effectué. À partir de là, les données doivent parvenir au chercheur pour des calculs et une analyse approfondis. Pour transférer les données, l'ensemble des fichiers est regroupé dans un tarball (la commande TAR est une commande de base Linux qui permet de créer des fichiers archives) qui est téléchargé sur Belnet FileSender. Selon la vitesse du réseau, le téléchargement prend entre 4 et 8 heures. Pour des raisons de sécurité des données, nous sommes séparés dans notre propre réseau VPN.

Sans FileSender, nous devrions utiliser des disques durs. Copier les fichiers sur un disque dur et les envoyer ensuite aux chercheurs concernés prendrait énormément de temps. Grâce à FileSender, les chercheurs peuvent commencer à analyser leurs données à peine un jour après avoir utilisé le microscope.

« Le service FileSender est vital, il fait une énorme différence. Nos chercheurs disposent toujours des mêmes données, mais beaucoup plus rapidement et de manière sécurisée. Plus vite ils disposent des données, plus vite ils peuvent commencer à les analyser ».
Marcus Fislage, responsable Cryo-EM au VIB/VUB

Un autre avantage important est que la sécurité des données est garantie. Nous préférons évidemment ne pas placer nos données de recherche brutes sur des serveurs internationaux, pour des raisons évidentes de sécurité, mais aussi parce que ces systèmes pourraient ne pas respecter la législation européenne. Les données brutes que nous envoyons comprennent parfois des échantillons de patients. Il est donc extrêmement important que ces données sensibles ne quittent pas le réseau Belnet ».

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